הדרך שבה קיבלה הממשלה את ההחלטה על הסגר השני היתה רצופה בעימותים קשים בן השרים לבין ראש הממשלה בנימין נתניהו. הוא התעמת בין השאר עם שר האוצר, נגיד בנק ישראל, שר המשפטים וגם אחרים. "על כל הערה שהשמיע מישהו מהם, היה לו מה לומר. הוא היסה אותם אותם ונראה עצבני מאד", מדווח "ידיעות אחרונות".
עוד בעניין דומה
נתניהו גם לא היסס לרגע ועקץ את פרויקטור הקורונה, פרופ' רוני גמזו, ואפילו שב והתגאה בדברים שאמר לו בתדרוך מאוחר יותר לתקשורת: "פעמים רבות בקריירה שלי", אמר, "לא שמעתי לאנשי המקצוע, ליועצים ולמומחים, ותמיד צדקתי במאה אחוז".
פרופ' גמזו היה בין המסתייגים ממתווה הסגר המחמיר, כמו אנשי מקצוע נוספים ממשרד הבריאות. גמזו הגדיר את ההחלטה שהתקבלה כ"אומללה". במהלך ישיבת קבינט הקורונה וגם אחר כך אמר: "ההמלצה שלי היתה מתונה יותר, ללכת רק על 50%" נתניהו ענה לו: "אנחנו מקבלים החלטות בתוקף האחריות שלנו ולא רק על פי המלצות. ההמלצות שקיבלנו עד עכשיו הביאו לעלייה מ-2,000 חולים ביום, ל-5,000 ואף יותר".
את תהליך קבלת ההחלטות תיאר פרופ' גמזו באזני מקרוביו, כך מדווח הבוקר כמעט בכל כלי התקשורת: "זה היה סיוט. הייתי צריך חבילה של כדורים נגד בחילה". תחילה נטה ראש הממשלה לאפשר פעילות חלקית של המשק אבל שינה דעתו לאחר שנאמר לו שלא ניתן, חוקית, לאסור הפגנות, ואז החל להוביל את הקו המחמיר יותר, "בגלל רצונו להפסיק את המחאה נגדו", מדווח הבוקר "הארץ" .
שר המדע יזהר שי, שהתנגד להחלטה להחמיר בהנחיות, איים להתפטר מהממשלה אבל חזר בו לאחר מכן. בצעד הפגנתי נטש השר בזעם את ישיבת הקבינט ואמר: "חשוב ששרי הממשלה יידעו - ההחלטה על סגר מלא, חמור מזה שחווינו בחודש מארס, לא התקבלה בהצבעה בקבינט הקורונה. היא בניגוד לדעת מומחי משרד הבריאות וגם אנשי מקצוע ממשרד האוצר".
אמש קרוב לחצות הפיץ משרד הבריאות מסמך בן ארבעה עמודים המפרט את כל הנחיות הסגר לתקופת החגים. תוקף ההנחיות מהיום (ו') בשעה 14:00 ועד 11 בנובמבר, כלומר לאחר שמחת תורה. חלק מההנחיות הנוגעות להפעלת המשק באופן חלקי רוככו לאחר מכן.
ראש הממשלה רמז במהלך התדרוך אמש כי ייתכן שלאחר שבועיים אלה יוארך הסגר, אבל במתכונת קצת אחרת לתקופה נוספת ורק לאחריה "תופעל תכנית הרמזור" שהתווה פרופ' גמזו.
במוצ"ש ישדר ערוץ 12 ראיון מיוחד עם פרופ' סיגל סדצקי, לשעבר ראש שירותי בריאות הציבור במשרד הבריאות שהתפטרה ביולי במחאה על כך שהרגישה כי מתעלמים מהמלצותיה, ועתה היא שוברת את שתיקתה. לקראת שידור הראיון היא אמרה: "ברור שהיתה הרבה מאוד פוליטיקה בכל ההתנהלות של הגל הראשון, כל אחד משך לכיוון שלו... היתה הימנעות בהחלטות בזמן, והחלטות שגוית הן חלק ניכר מאוד מהמצב אליו הגענו, בוודאי. הייתי מצפה שראש הממשלה יעמוד בלחצים פוליטיים. ראש הממשלה מבין את המחלה הזאת מצוין".